Ejakulationen är en ganska komplicerad kedja av händelser, som för att fungera ska ske i rätt ordning.
Huvuddelen av ejakulatet består av sekret från sädesblåsor och prostata. Sekretionen i dessa sker till stor del under sexuell upphetsning – förspelets intensitet och varaktighet har alltså betydelse för mängden sekret.
Själva ejakulationen startar med att nerver som inte styrs av viljan skickar signaler till de glatta muskelcellerna i bitestiklar, sädesledare, prostata och sädesblåsor. När de glatta muskelcellerna börjar dra ihop sig transporteras spermier från bitestiklarna till urinröret samtidigt som prostatas små körtlar också börjar tömmas ut i urinröret. När urinröret fylls startar rytmiska sammandragningar av de muskler som ligger runt svällkropparna. Detta leder till att trycket stiger i urinröret och innehållet töms ut med stort tryck om urinblåsans ringmuskel hindrar att innehållet i urinröret trycks upp i urinblåsan. De stora sädesblåsorna tömmer sig ut i urinröret senare än sädesledare och prostatakörtlar och sädesblåsornas sekret finns därför mest i ejakulatets senare stötar. Antalet kontraktioner eller stötar kan variera men anses bero på storleken av den volym som töms ut i urinröret och den sexuella upphetsningen.
Det finns två orsaker till avsaknad av ejakulat. Om spermier och sekret helt eller delvis åker upp i urinblåsan kallas det retrograd ejakulation. Orsaken kan vara skador på nerverna som kontrollerar urinblåsan ringmuskel. Problemet är att spermier som kommer i kontakt med urin vanligtvis inte överlever.
För att behandla retrograd ejakulation försöker man i första hand förstärka urinblåsans ringmuskel med läkemedel i tablettform. Ibland är detta tillräckligt för att styra om ejakulationen åt rätt håll. Om ejakulationen fortfarande sker upp i urinblåsan och mannen har önskemål om barnlöshetsbehandling kan man göra så att urinen blir utspädd och mindre sur. Då finns möjligheten att efter orgasm samla upp urin och preparera spermier för infrysning eller direkt behandling (assisterad befruktning).
Normalt ejakuleras huvuddelen av spermierna och prostatasekretet först, följt av sädesblåsesekretet. Spermier som kommer ut med sädesblåsesekret har sämre rörlighet och överlevnad jämfört med spermier som kommer ut med prostatasekretet.
Ibland kan dålig rörlighet bero på att huvuddelen av spermier inte töms ut med prostatasekretet utan med sädesblåsesekretet. Det finns beskrivet att kanalen från sädesledare till urinröret kan bli delvis igentäppt. Spermierna töms då inte ut i urinröret förrän sädesblåsorna töms.
Störning av ejakulationsordningen kan bara upptäckas genom att undersöka de olika ejakulat-portionerna var för sig. Mannen får då samla upp ejakulatet med en hållare med upp till 6 behållare.